Художник Михаил Шемякин родился в Москве в 1943 году. С 1945 по 1957 год жил с родителями в Дрездене (ГДР). В 1957 году 14-летний Михаил вернулся в СССР, в Ленинград.
В 1957 году был принят в среднюю художественную школу при Институте живописи, скульптуры и архитектуры имени И. Е. Репина, где учился с 1957 по 1961 год.
В 1961 году был отчислен из СХШ.
С 1959 по 1971 год работал почтальоном, вахтёром, в течение пяти лет работал такелажником в Эрмитаже.
В 1962 году в помещении редакции журнала «Звезда» открылась первая выставка Шемякина.
В 1967 году основал группу художников «Петербург». Вместе с философом Владимиром Ивановым создал теорию метафизического синтетизма, посвящённую поискам новых форм иконописи, основанных на изучении религиозного искусства разных эпох и народов. Два года был послушником в Псково-Печерском монастыре, в период управления обителью наместником архимандритом Алипием (Вороновым).
В 1971 году эмигрировал из СССР: после многочисленных арестов выставок, конфискаций работ и принудительного лечения в психиатрических больницах[4][14] в 1971 году власти выслали Шемякина, под угрозой уголовного преследования, из СССР во Францию. По мнению Михаила Шемякина, инициатором преследования зачастую являлся не КГБ СССР[15], а Союз художников СССР[16].
С 1971 года, с женой, Ривой (Ревеккой) Модлиной, и с дочерью Доротеей жил в Париже. Устраивал выставки и публиковал работы своих коллег — российских художников и писателей-нонконформистов.
В 1981 году переехал в Нью-Йорк. Начатые в 1960-е годы исследования искусства всех времён и народов выросли в коллекцию из миллионов образов, структурированных по техническим, историческим и философским категориям, за что художник был удостоен пяти почётных докторских степеней. Эта коллекция послужила основой для создания Института философии и психологии творчества (Франция).
В 2000 году учредил Воображаемый музей в городе Хадсон, штат Нью-Йорк, где организуются выставки по тематике исследований. В 2002—2003 гг. создал для российского канала «Культура» 21 серию цикла «Воображаемый музей Михаила Шемякина».
С 2009 года в Фонде художника Михаила Шемякина в Санкт-Петербурге организует выставки по материалам своих исследований. В 2013 году выпустил первые каталоги итогов исследований.